Ash Ketchum, Brock dan Dawn berada pada Pokemon Pusat menonton pertandingan Pokémon Baccer di TV. Ash dan kru yang tertarik dengan pertandingan dan memutuskan untuk berangkat ke Crown City untuk menonton Pokemon Baccer Piala Dunia. Sementara itu, pengusaha Grings Kodai, Goone antek dan asisten Rowena berada di Unova mana mereka menemukan Zoroark dan Zorua tidur. Mereka menangkap dua Pokemon dan mengambil off untuk Crown City. Zorua, yang terjebak di pesawat Kodai ini, berhasil melarikan diri dan menyamar sebagai Skiploom, dan melayang turun ke tanah tanpa diketahui.

Di film ini menceritakan tentang pertemuan Satoshi/Ass dkk. dengan Calon Penerus Pendekar Suci, Keldeo. Demi menjadi Pendekar Suci, Keldeo nekat bertarung melawan Kyurem yang merupakan pokémon tipe naga terkuat di dunia. Para Pendekar Suci mencoba untuk mencegah Keldeo yang akan menantang bertarung Kyurem.  Akan jadi seperti apakah perlawanan Keldeo? Akankah dia berhasil menemukan arti dari seorang pendekar?

Kali ini Satoshi dan kawan-kawan pergi untuk bertemu dengan Profesor Okido. Eric yang telah menunggu kedatangan mereka, mengajak mereka untuk berkeliling di Pokémon Hills. Namun, di sana Satoshi bertemu dengan kawanan Genesect yang tiba-tiba menyerangnya. Kehadiran kawanan Genesect juga meresahkan Pokémon dan warga setempat (lol), dengan mengalih fungsikan Pokémon Hills sebagai sarangnya, mereka tidak membiarkan siapapun mendekat. Mewtwo yang datang berusaha menyadarkan kawanan Genesect, akan jadi seperti apakah perlawanan para Pokémon dengan Genesect?

Film ini bercerita tentang pertemuan Satoshi dan Pikachu. Pikachu awalnya menolak bersama dengan Satoshi, tapi Satoshi hanya ingin berteman dengan pikachu. Suatu hari mereka pergi dari kota Masara, keduanya melihat seekor Houou yang sedang terbang dan bersumpah suatu hari mereka berdua akan menemukannya.

Ash dan Pikachu memulai perjalanan baru ke Fula City di mana Festival Angin tahunan berlangsung. Di sana mereka bertemu pelatih dan teman baru untuk kemudian membantu menyelamatkan kota bersama dengan pokemon mitos Zeraora.

Satoshi dan Pikachu bertualang di Daerah Baru, yakni Daerah Alola.

Satoshi dan Pikachu telah tiba di Kota Miare dari wilayah Kalos yang terkenal untuk menangkap lebih banyak Pokemon dan melanjutkan perjalanan mereka untuk menjadi yang terbaik. Sementara itu, seorang penemu jenius bernama Citron dan adiknya Eureka mengembara ke kota saat mereka bertemu dengan Satoshi yang dengan cepat menantang mereka untuk bertempur. Namun, mereka segera terjebak dalam insiden berbahaya saat Tim Rocket, mengikuti Satoshi ke Kalos, menyebabkan Gaburias mengamuk di kota. Jauh di Asame Town yang sepi, seorang gadis muda bernama Serena menyelinap melalui latihan berkuda Sihorn setiap hari atas perintah ibunya, seorang pembalap Sihorn profesional. Setelah berlatih, dia melihat kejadian yang terjadi di Miare City di televisi dimana dia mengenali seorang anak laki-laki sejak kecilnya. Setelah meninggalkan dampak signifikan pada hidupnya, pandangannya membangkitkan keinginan untuk bertemu dengannya lagi; Jadi, Serena berangkat ke Miare City, bertekad untuk menemukan anak laki-laki itu dari masa lalunya. Pokemon XY mengikuti kelompok tersebut saat mereka melakukan perjalanan di Kalo dalam mengejar ambisi mereka-Satoshi menantang gym Pokemon, belajar dari Satoshi, dan Serena mencari apa sebenarnya mimpinya. Sepanjang jalan, mereka bertemu teman baru, menghadapi saingan baru, dan terus menggagalkan rencana Team Rocket, sambil menemukan sedikit tentang misteri evolusi mega.

Prequel special to the Pokemon XY series.

Pada saat Satoshi dan kawan-kawan pergi menuju Kota Eisatsu, tidak sengaja Eureka menemukan seekor makhluk yang tidak memiliki data pokemon, Eureka memberinya nama Puni-chan karena tubuhnya yang kenyal. Tidak lama berselang datanglah sekawanan Geng Flare yang ingin membawa Puni-chan, mereka menyebut Puni-chan dengan sebutan Z-2. Mahkluk apakah sebenarnya Puni-chan ini? Dan bagaimanakah pertualangan Satoshi dan kawan-kawan kali ini? Penasaran? Ayo dah sedot gan. Terimakasih.

Mega Evolution – bentuk baru evolusi yang telah menyebar melalui wilayah Kalos. Namun, apakah mega Evolution adalah sesuatu yang semua Pokemon dapat lakukan? Cerita ini berpusat di sekitar Trainer muda bernama Alan dan rekannya Lizardon. “Untuk menguasai Mega Evolution, untuk mengalahkan semua mega berevolusi Pokemon dan berdiri di atas sebagai yang terkuat”: Itu adalah tujuan dari perjalanan Alan.

Recap episode.

Cerita terakhir yang menampilkan Satoshi dan Pikachu, dengan teman pertama mereka dan banyak Pokémon yang telah mereka temui selama perjalanan mereka kembali.

Anime ini memiliki pemain dan karakter saingan dari Nintendo asli Pokémon Merah dan Pokemon Hijau (Pokémon Merah dan Pokemon Biru di Amerika Utara) video game.