Empat tahun telah berlalu sejak pertempuran terakhir antara Celestial Being dan Angkatan PBB. Setelah mendirikan Federasi Sphere Bumi , membentuk sebuah kekuatan pelestarian keamanan independen , hukum terpisah dari Federasi tentara formal untuk lebih menyatukan bangsa dan kehendak manusia. Tetapi kenyataannya adalah penindasan yang tidak manusiawi dari penyalahgunaan kekuasaan , doktrin , dan ideologi atas nama persatuan . Saji Crossroad telah mengikuti jalan untuk menjadi seorang insinyur untuk menjaga janjinya pada Louise Halevy , yang pada gilirannya dipaksa untuk terlibat dalam reformasi pemerintah Federasi dan bergabung sebagai pilot mobile suit selama kesenjangan empat tahun . Sementara itu, Setsuna F. Seiei, setelah selamat dari pertempuran hebat empat tahun lalu, menyaksikan perubahan di dunia karena tindakan dari Celestial Being . Dengan kekalahan Alejandro Corner, ia bermimpi tentang sebuah dunia yang damai tanpa konflik , tetapi di depan matanya sendiri realitas untuk melanjutkan perdamaian , penindasan yang disebabkan oleh musuh. Dia memutuskan sekali lagi untuk bertarung dengan Gundam , kekuatan dengan potensi untuk mengubah dunia.

Alfred Izuruha, yang berusia 10 tahun tinggal di sebuah koloni di Side 6 dan, seperti kebanyakan anak laki-laki seusianya, yang terobsesi dengan perang antara Federasi Bumi dan Zeon. Tanpa sepengetahuan dia, tetangga sebelahnya, Christina adalah seorang Pilot test untuk prototype Gundam yang dibuat Federasi Bumi di Koloni. Sebuah tim pasukan khusus Zeon ditugaskan untuk menyelinap dan mencuri atau menghancurkannya. Ketika pertempuran pecah antara Federasi Bumi dan Pasukan Zeon yang menyusup. Alfred bertemu dengan seorang pilot rockie Zaku, Bernard “Bernie” Wiseman. Setelah pertemuan itu, keduanya menjadi bersahabat, sehingga Alfred dapat mempelajari perang yang begitu menarik baginya, dan Bernie dapat menarik informasi yang penting bagi timnya.

Gundam NT menceritakan dunia setelah Laplace Box dibuka dan rahasia Newtype terbongkar, namun tidak ada perubahan yang berarti di dunia. Sisa pasukan Neo Zeon sudah musnah dan pertempuran antara 2 Psycho Frame misterius dilupakan oleh publik. Namun RX-0 Unicorn 03, yang dilaporkan menghilang dua tahun lalu kembali muncul. Sekarang Mobile Suit tersebut dijuluki Phenex, sang burung abadi.

Cosmic Era 73, representatif ORB Union Cagalli Yula Athha beserta Athrun Zala (yang menggunakan nama samaran Alex Dino) mengunjungi pangkalan militer milik ZAFT Armory One. Di sana sedang dikembangkan 3 buah prototipe mobile suit, masing-masing adalah ZGMF-X24S Chaos Gundam, ZGMF-X31S Abyss Gundam, dan ZGMF-X88S Gaia Gundam. Cagalli dan Athrun mengunjungi Armory One dan bertemu dengan Perdana Menteri PLANT sekaligus pemimpin ZAFT Gilbert Durandal, membicarakan kerjasama bidang teknologi militer antara ORB dan ZAFT. Bersamaan dengan itu, 3 orang pilot Extended menyerang dan mencuri 3 buah prototipe mobile suit tersebut. Athrun pun membantu pasukan ZAFT mencegah mereka mencuri mobile suit dengan menyereang mereka menggunakan unit yang ada. Saat keadaan Athrun terdesak, datanglah Shinn yang sudah menjadi prajurit ZAFT dengan menggunakan ZGMF-X56S Impulse Gundam, pertempuran baru pun dimulai.dan pemimpin zaft yaitu gilbert durandal menyatakan kepada dunia bahwa fredoom dan archangel sangat berbahaya bagi dunia dan dilakukan misi angel down. Mobile Suit Gundam Seed!

Suatu konflik yang dimulai antara Earth Alliance [alias Naturals] dan ZAFT [alias Koordinator], yang dimulai karena masalah ekonomi jelas ragu-ragu. Kedua belah pihak tidak punya pilihan lain, dan perang pecah. 11 bulan setelah dimulai perang ini adalah ketika timeline of Gundam SEED semua dimulai. Heliopolis, sebuah koloni yang merupakan ‘netral’ koloni diseret ke dalam perang, sementara Bumi menyembunyikan rahasia mereka mobile suit di sini. Mobile suit ZAFT kekuatan penggerebekan Heliopolis dan dengan demikian mengambil semua kecuali 1 dari Gundam.

Pasukan Federasi dan Zeon berperang dengan sengit di Sektor Thunderbolt yang dulu disebut Side 4 “Moore”. Sektor Thunderbolt adalah zona bahaya yang tersusun dari puing-puing koloni ruang angkasa yang hancur, dinamai demikian karena listrik keluar dari puing-puing logam di sana. Pilot MS, Io Flemming ada di antara prajurit Federasi yang dikerahkan di area tersebut, di mana sniper Zeon, Daryl Lorenz menunggu mereka di medan perang.

Koloni manufaktur Industrial 7, yang masih dalam proses pembangunan, mengapung di Lagrange point 1. Seorang pemuda bernama Banagher Links, yang tumbuh tanpa mengetahui ayahnya, bertemu dengan seorang gadis misterius yang telah disimpan jauh di kapal menuju Industrial 7. Sebagai mobile suit putih Unicorn mengalami tes berulang-ulang dan menjadi subjek dari beragam spekulasi, tangan waktu mulai bergerak.

Menjelang tahun 0096 pada Abad Universal, perdamaian yang rapuh muncul dari abu konflik. Pelajar berusia 16 tahun, Banagher Links, mengunjungi koloni ruang industri 7 pada kunjungan lapangan sekolah, tetapi karena pesawat ulang-alik yang rusak, ia ditinggalkan sepenuhnya terdampar. Bagi Banagher, yang selalu menjalani kehidupan normal, perang selalu menjadi bagian yang jauh, hampir mistis dari sejarah; tetapi dalam beberapa menit, fantasi menjadi kenyataan ketika dia menyelamatkan seorang gadis bernama Audrey Burne, yang sangat perlu bertemu dengan pemimpin Yayasan Vist terdekat, Cardeas Vist. Dia berharap untuk membujuknya untuk menahan “Kotak Laplace,” sebuah objek yang berpotensi menghancurkan dunia. Sejarah digerakkan sebagai kekuatan galaksi berkumpul di Industrial 7, masing-masing berlomba untuk memiliki Kotak Laplace. Ketika sisa-sisa Neo Zeon berbenturan dengan Pasukan Federasi Bumi di sekitar koloni itu, Cardeas, pada saat-saat terakhirnya, memberi Banagher kunci ke Box, sebuah mobile suit yang dijuluki “The Unicorn Gundam.” Dikemas dengan aksi eksplosif dan ketegangan yang meningkat, Mobile Suit Gundam Unicorn RE: 0096 mengikuti Banagher saat keyakinannya diuji dan nasib yang telah tertidur selama lebih dari satu abad akhirnya terwujud.

Perang antara Koloni Ruang Angkasa dengan Organisasi OZ menggunakan mobile suit (robot). dengan mengirim 5 mobile suit berteknologi tinggi yang disebut dengan “Gundam” koloni mengharapkan bisa menghentikan peperangan yang selama ini terjadi. Namun OZ memiliki rencara untuk mengadu domba antara koloni dan pasukan aliansi BUMI sehingga koloni yang menginginkan perdamaian justru dianggap ingin menghancurkan bumi. dengan memegang tugas yang berat kelima pilot Gundam harus mengalahkan pasukan OZ. Dengan kemampuan Pilot yang handal ditambah dengan Teknologi Gundam membuat kelima Gundam menjadiancaman terbesar milik OZ. membuat OZ menggunakan senjata terkuat mereka untuk menghancurkan gundam. Disaat pertempuran berlangsung Heero Yui ( Pilot Gundam 01 ) yang awalnya ingin membunuh Relena justru malah berubah pikiran. yang akhirnya di ketahui bahwa Relena adalah adik Dari Zech salah satu pemimpin OZ.

Tahun 196 setelah koloni, satu tahun telah berlalu sejak peperangan antara Bumi dan Koloni berakhir. Heero, Duo, Trowa dan Quatre mengucapkan selamat tinggal pada Gundam mereka dan membuangnya ke matahari. Sekarang Relena Darlian menjadi wakil mentri Earth Sphere Unified Nation. Tapi saat pilot Gundam menyesuaikan diri dengan perdamaian di Bumi, Relena di culik dan ancaman baru muncul, di pimpin oleh Marimeia Khushrenada – putri mendiang diktator Treize Khushrenada dan pewaris Barton Foundation. Untuk membuat keadaan menjadi lebih rumit, pilot Gundam Nataku, Wu fei memihak kubu ini. Para pilot Gundam harus mengambil lagi Gundam mereka dan sekali lagi terlibat dalam pertempuran sebelum pasukan Marimeia berhasil mendominasi.

300 tahun setelah becana peperangan usai. Kekuasaan yang memerintah Bumi yaitu Sphere telah digulingkan, memberikankan jalan bagi penguasa baru di dunia baru. Sementara itu, jauh di Mars, bunga apiyang memicu ancaman perang baru telah menerjang ….Tokoh utama yaituMikazuki Augus, anggota dari satuan keamanan khusus Chryse Guard Security(CGS), mengambil misi sebagai pengawal dari Kudelia Aina Bernstein, seorang gadis muda yang menggerakkan kemerdekaan Chryse dari Bumi. Namun, saat unitelit Gjallarhorn memberikan tekanan revolusioner, menyergap CGS, para petinggisengaja menggunakan Mikazuki dan anak-anak lainnya sebagai umpan untuk menutupi kemunduran mereka. Orga Itsuka, pemimpin skuad anak laki-laki,mengambil kemunduran ini sebagai motivasi untuk meluncurkan kudeta. Denganperintah dari Orga untuk menahan unit elit Gjallarhorn, Mikazuki menyerang di era Bencana Perang dengan generator yang digunakan CGS, Gundam Barbatos ….

Musim kedua dari serial anime Kidou Senshi Gundam: Tekketsu no Orphans, yang bercerita tentang tokoh utama yaitu Mikazuki Augus,anggota dari satuan keamanan khusus Chryse Guard Security (CGS),mengambil misi sebagai pengawal dari Kudelia Aina Bernstein, seorang gadis muda yang menggerakkan kemerdekaan Chryse dari Bumi. Namun, saat unit elit Gjallarhornmemberikan tekanan dan menyergap CGS, para petinggi CGS sengaja menggunakan Mikazuki dan anak-anak lainnya sebagai umpan untuk menutupi kekalahan mereka. Orga Itsuka, yang merupakanpemimpin skuad, mengambil kesempatan ini sebagai celah untuk melancarkan kudeta. Dengan perintah dari Orga, Mikazuki menyerang Gjallarhorn dengan unit dari era Bencana Peperangan yaitu GundamBarbatos ….

UC 0079 – Setelah sukses dengan operasi Odessa, semakin banyak tentara Federasi Bumi yang dikirim ke bumi untuk membebaskan bumi dari tangan kerajaan Zeon. Pasukan Zeonic mundur ke bagian yang tidak di ketahui dunia, terserah kepada Federasi Bumi Angkatan Darat untuk menemukan mereka dan memusnahkan mereka. Letnan muda Shiro Amada di tunjuk sebagai komandan MS Team 08, memimpin tim Ground Type Gundam ke dalam pertempuran. Misinya: untuk mengalihkan perhatian musuh dan menemukan senjata baru Zeon yang misterius. Tapi bisakah dia menyelesaikanya ketika dia jatuh cinta dengan pilot Zeon, yang bernama Aina Sahalin?

Dalam novel The Lovely Princess, karakter sekunder Athanasia de Alger Obelia adalah yang paling menyedihkan. Ibunya meninggal saat melahirkan dan ayahnya, Kaisar Claude, tidak pernah memberikan setitik pun cinta pada putrinya. Selamanya mendambakan sedikit saja kasih sayang orang tua, dia akhirnya difitnah atas kejahatan dan dieksekusi atas perintah ayah tercintanya. Ketika seorang wanita dari Korea modern tertidur dengan pil tidur, dia kemudian terbangun dalam tubuh bayi Athanasia. Mengetahui nasib tidak menyenangkan yang menantinya, dia bertekad untuk tetap di luar pandangan ayah tirannya agar tidak pernah memancing amarahnya. Namun, takdir tidak begitu baik, dan dia bertemu dengannya pada usia lima tahun. Dengan rencana awalnya terbuang, dia kini bertujuan membuat dirinya dicintai ayahnya sehingga dia tidak akan pernah bermimpi menyakitinya. Namun, saat banyak orang bekerja untuk tujuan mereka sendiri, rencananya terguncang kekacauan—"saudara" biologis Athanasia bernama Jennette Margarita mendambakan keluarga, bangsawan tinggi berebut kekuasaan, dan bayangan dari masa lalu Claude mengancam menghancurkan semua yang dia sayangi.

Anime ini bercerita tentang pemburuan Kenzo Tenma, seorang dokter bedah yang sangat ahli di bidangnya, terhadap seorang pemuda pembunuh berantai bernama Johan.