Cerita ini berkisah Millennium Comet, yang muncul di langit malam selama tujuh hari sekali setiap seribu tahun. Hal ini, pada saat yang sama, ketika Pokemon legendaris Jirachi terbangun dari tidur panjang untuk menyerap energi komet. Energi ini, pada gilirannya, dilepaskan ke bumi itu sendiri, membuat daerah yang dikenal sebagai FORINA tumbuh. Kali ini, bagaimanapun, seorang penyihir yang dikenal sebagai Butler, bersama dengan pacar lamanya Diane, menggali batu yang terbungkus Jirachi, dan mengambilnya dari FORINA.

Sebuah meteorit misterius meluncur ke bumi. Selama masuknya ke atmosfer, hampir luka Rayquaza, wali langit tinggal di lapisan ozon. meteorit menabrak zona polar, mengungkapkan dua benda berbentuk telur. Telur ungu meregenerasi menjadi Deoxys dan mengambil telur hijau. Rayquaza turun dari lapisan ozon untuk melawan penjajah (percaya itu menjadi musuh). Pertempuran terjadi kemudian, menghancurkan sebuah situs penelitian di dekatnya dan menimbulkan trauma seorang anak muda Tory (Tou’i), takut dengan injak Spheal, Sealeo, dan Walrein.

Di kota Lohta, festival dilemparkan memuji “Aaron Pemimpin Gelombang Hero” yang, menurut legenda turun-temurun kota, berhenti abad perang lalu dengan menggunakan kekuatan “Pohon Dunia Asal . “Satoshi dan Pikachu berpartisipasi dalam pertempuran untuk memutuskan pahlawan tahun ini dan setelah kemenangan mereka, mereka dipilih sebagai” Pemimpin Gelombang hero. “sebuah pesta besar tari diadakan di benteng untuk merayakan pemenang, tapi tiba-tiba hantu Pokemon Mew muncul dan mengambil Pikachu. Segera setelah itu, Pemimpin Gelombang Pokemon “Lucario” dibebaskan dari berabad-abad segel dan memenuhi Satoshi. Satoshi harus memecahkan berbagai misteri di mana Pikachu adalah, apa setelah Mew ini, apa rahasia legenda Leader Gelombang dan bagaimana ada hubungannya dengan masa lalu yang tersembunyi Lucario saat ia membuat perjalanan ke “Pohon Dunia Asal” dengan Lucario.

Di film ini menceritakan tentang petualangan Satoshi dkk. bersama dengan orang-orang dari Suku Air Grup Teater Marina. Satoshi dkk. bersama orang-orang dari Suku Air, dan seorang Pokémon Ranger coba menuntun Pangeran Laut Manaphy yang baru terlahir untuk menuju ke Kuil Laut, Akusha. Namun, di tiap perjalanan mereka selalu dihadang oleh Tim Rocket dan juga pasukan Bajak Laut Phantom. Akan jadi seperti apakah petualangan Satoshi dkk. serta Manaphy ke Kuil Laut? Apakah mereka akan berhasil membawa Manaphy ke Kuil Laut dan mengamankan Mahkota Laut?

Pokémon versi Layar Lebar yang ke-10 rilis tahun 2007. Menceritakan tentang perjalanan Satoshi/Ash dkk yang menemani Hikari/Dawn untuk mengikuti Kontes Pokémon yang diselenggarakan di Menara Ruang & Waktu, serta pertarungan antara Dialga, Palkia, dan Darkray di Kota Alamos.

Menceritakan tentang kelanjutan perjalanan Satoshi/Ash dkk dari Film sebelumnya. Dua dimensi, ruang & waktu, yang seharusnya tak bertemu terjadi tubrukan, pertarungan Dialga dan Palkia ini menyebabkan Dunia Kebalikan yang dikuasai Giratina menjadi kotor. Giratina yang marah menarik Dialga ke dunianya, pokémon tanda terima kasih Shaymin juga ikut tertarik ke Dunia Kebalikan.

Menceritakan tentang pengadilan yang akan di buat oleh sang pokemon yang memiliki julukan The God Of All Pokemon Arceus . Ia datang untuk membuat perhitungan pada manusia . Karena telah dihianati oleh manusia pada jauh hari . Arceus memiliki Multitype jadi bisa merubah tipe dalam dirinya menjadi semua type yang ada.

Ash Ketchum, Brock dan Dawn berada pada Pokemon Pusat menonton pertandingan Pokémon Baccer di TV. Ash dan kru yang tertarik dengan pertandingan dan memutuskan untuk berangkat ke Crown City untuk menonton Pokemon Baccer Piala Dunia. Sementara itu, pengusaha Grings Kodai, Goone antek dan asisten Rowena berada di Unova mana mereka menemukan Zoroark dan Zorua tidur. Mereka menangkap dua Pokemon dan mengambil off untuk Crown City. Zorua, yang terjebak di pesawat Kodai ini, berhasil melarikan diri dan menyamar sebagai Skiploom, dan melayang turun ke tanah tanpa diketahui.

Di sini Satoshi dan Pikachu bertemu dengan Victiny dan pokémon legenda Zekrom. Jalan ceritanya sama dengan Movie B, Reshiram. Jika di sini Satoshi mendapatkan Zekrom, di Movie B Satoshi dapat Reshiram.

Di sini Satoshi dan Pikachu bertemu dengan Victiny dan pokémon legenda Reshiram. Jalan ceritanya bakal sama dengan Movie A, Zekrom. Cuman beda dikit ceritanya.

Di film ini menceritakan tentang pertemuan Satoshi/Ass dkk. dengan Calon Penerus Pendekar Suci, Keldeo. Demi menjadi Pendekar Suci, Keldeo nekat bertarung melawan Kyurem yang merupakan pokémon tipe naga terkuat di dunia. Para Pendekar Suci mencoba untuk mencegah Keldeo yang akan menantang bertarung Kyurem.  Akan jadi seperti apakah perlawanan Keldeo? Akankah dia berhasil menemukan arti dari seorang pendekar?

Kali ini Satoshi dan kawan-kawan pergi untuk bertemu dengan Profesor Okido. Eric yang telah menunggu kedatangan mereka, mengajak mereka untuk berkeliling di Pokémon Hills. Namun, di sana Satoshi bertemu dengan kawanan Genesect yang tiba-tiba menyerangnya. Kehadiran kawanan Genesect juga meresahkan Pokémon dan warga setempat (lol), dengan mengalih fungsikan Pokémon Hills sebagai sarangnya, mereka tidak membiarkan siapapun mendekat. Mewtwo yang datang berusaha menyadarkan kawanan Genesect, akan jadi seperti apakah perlawanan para Pokémon dengan Genesect?

Di film ini menceritakan tentang pertemuan Satoshi dkk. dengan Diancie. Berlian Suci yang menjadi sumber kekuatan bagi kerajaan Diancie mulai melemah. Hanya Diancie yang dapat menciptakan Berlian Suci tersebut. Tetapi, kekuatannya yang sekarang masih belum cukup untuk menciptakan berlian yang sesungguhnya. Demi mendapatkan kekuatan sesungguhnya untuk menyelamatkan kerajaannya, Diancie pergi mencari Xerneas dengan ditemani Satoshi, Serena, Citron, dan Eureka. Akan jadi seperti apakah pertualangan mereka?

Satoshi dan kawan-kawan melanjutkan perjalanan mereka ke suatu Kota yang bernama Kota Desser. Di sana mereka bertemu dengan Pokemon Ilusi, Hoopa. Rahasia apakah yang dipegang oleh Hoopa? Akan seperti kisah Satoshi dan kawan-kawan bersama Hoopa?

Bercerita tentang misteri pokemon mistis magearna dimana hanya ada 1 magearna di dunia ini. Ash secara tidak sengaja di pertemukan dengan volcanion karena alat yang melingkar di tubuhnya dan kaki volcanion saling terhubung sehingga kemanapun volcanion pergi maka ash akan terbawa karena alat tersebut, dan karena itulah ash, pikachu dan teman-temanya masuk ke dunia volcanion dan demi menyelamatkan magearna.