Tahun 2029, Niihama telah menjelma kota metropolitan berteknologi tinggi, tempat warganya bebas mengganti anggota tubuh dengan bagian robotik. Di tengah dunia yang kian terhubung ini, Section 9 bertugas memberantas korupsi, terorisme, dan berbagai ancaman baru. Major Motoko Kusanagi, sosok tegas dari Section 9, memimpin perburuan terhadap hacker misterius berjuluk "Puppet Master"—sosok bertubuh nyaris seluruhnya robotik yang meninggalkan jejak korban tanpa ingatan. Semakin dalam ia menyelidiki, semakin rumit kasus ini, apalagi setelah Section 6 turut campur tangan. Di balik pengejaran itu, Motoko justru dihadapkan pada pertanyaan eksistensial tentang makna hidupnya sendiri—dan jawabannya mungkin hanya bisa datang dari Puppet Master itu sendiri.